國有土地被占用情況嚴重，根據審計部調查，截至去年底，國產局經管的國有非公用土地遭不法占用者有31萬筆，估計價值達887億元，其中還包括台北市精華地段、大面積土地，要求國產局應採取法律途徑積極追回。

審計部指出，國產局經管的國有非公用土地截至去年12月底共有143萬多筆，面積約22萬2千餘公頃，價值8,566億餘元，其中被不法占用者面積即達3萬1,100餘公頃，以面積來看，約占國有非公用土地的14.04％。

這些被占用的國有地，多數是長期遭不法占用，未能積極有效排除，以致問題長年存在者。尤其是位於台北市精華地段、大面積被占用的國有非公用土地，雖然價值高且深受各界矚目，不過審計部認為，國產局並未審酌被占用情形，適時採取法律措施追回。

根據統計，國產局從97年1月到98年10月，以民事訴訟、或刑事告發等司法程序訴追被占用的國有非公用土地只有1,621筆，只占98年10月底被占用土地31萬筆的0.52％。由於依法訴追案件數量偏低，加上疏於掌握被占用情形且訴訟案件內控機制欠佳，以致錯失處理先機。

截至98年11月25日止，被私人占用的國有非公用土地有24萬1,791筆，面積2萬2,707公頃，其中土地產籍資料登載有使用補償金列管號的有12萬7,703筆，面積8,752公頃，僅為被私人占用土地的52.82％、38.54％，仍有11萬多筆，面積1萬3,955公頃被占用土地未列管，並向占用人追收使用補償金。

即使是已列管追收使用補償金國有地，積欠金額也高達42億餘元，顯然使用補償金收取的比率很低，而且催收成效欠佳。